Franciszek Budrys urodził się 14 października 1882 roku w wiosce Ropiejki Biernatowskie, w powiecie rosieńskim, należącym do guberni kowieńskiej. Przyszedł na świat w chłopskiej rodzinie Franciszka i Domitilli z domu Szlagier. W trzecim dniu życia został ochrzczony przez proboszcza miejscowej parafii, ks. Wincentego Szlagiera. Był on jednocześnie ojcem chrzestnym F. Budrysa, zaś jego matką chrzestną została wdowa, Barbara Raubicka. Nie zachowały się, niestety, żadne bliższe informacje na temat dzieciństwa i młodości Franciszka, aż do momentu, gdy wstąpił do seminarium. Bardzo prawdopodobne, że w zdobyciu podstawowego wykształcenia pomagała mu rodzina, a zwłaszcza ojciec chrzestny.
W grudniu 1902 roku, w wieku 20 lat, F. Budrys zdał pomyślnie egzamin na stopień ucznia aptekarskiego. Egzamin ten obejmował następujące przedmioty: języki – rosyjski, niemiecki i łacinę, a ponadto: geografię, historię oraz matematykę. Złożenie wspomnianego egzaminu było równoznaczne z ukończeniem 4-klasowego progimnazjum i dawało prawo do rozpoczęcia nauki w szkole aptekarskiej lub w seminarium duchownym. Franciszek wybrał tę drugą możliwość.
3 lipca 1903 roku otrzymał od kowieńskiego gubernatora świadectwo moralności, wymagane przy wstąpieniu do seminarium duchownego. Z zaświadczenia wynika, iż dotychczas nie opuszczał on na dłużej swojego miejsca zamieszkania, nie był też karany sądownie. Wstępując 3 sierpnia 1903 roku do seminarium duchownego, musiał, przedstawić jeszcze wymagane prawem kanonicznym świadectwo chrztu.
Nie wiadomo dokładnie, jak Franciszek się uczył. Jednak ukończenie seminarium w regulaminowym terminie pozwala przypuszczać, że zdobywanie wiedzy i niezbędnego przygotowania ascetycznego nie sprawiało mu większych problemów. Święcenia kapłańskie przyjął wiosną 1907 r. Został kapłanem archidiecezji mohylewskiej, którą wówczas zarządzał – jako wikariusz kapitulny – prałat Stefan Denisewicz. Franciszek Budrys ukończył seminarium najprawdopodobniej w maju lub w pierwszej połowie czerwca 1907 roku. Stwierdzić to pozwala fakt, że 19 lipca wysłano z konsystorza do Departamentu d.s. Duchownych Innych Wyznań Ministerstwa Spraw Zagranicznych zapytanie z prośbą o zgodę na mianowanie ks. Budrysa wikariuszem parafii w Irkucku. Było to równoznaczne z wysłaniem młodego kapłana do trudnej pracy w bardzo oddalonej (ponad 5000 km od stolicy), syberyjskiej parafii. Przedtem jednak Franciszek udał się jeszcze w swoje rodzinne strony (do chutoru Rezgolie w powiecie rosieńskim), aby odwiedzić rodzinę i krewnych. 27 lipca 1907 roku otrzymał nominację wikariuszowską do parafii w Irkucku.
Młody duchowny nie miał środków na tak daleką podróż. Dlatego też zwrócił się z prośbą do prałata S. Denisewicza, aby w drodze wyjątku przysłał mu pieniądze na kupno biletu. Jednak pieniądze w wysokości 100 rubli Departament d.s Duchownych Wyznań Obcych wysłał do Irkucka, o czym 22 sierpnia powiadomiła księdza Budrysa kancelaria metropolitalna z polecenia prałata Denisewicza. Wikariusz przybył do Irkucka 16 września 1907 roku i pozostał w tym mieście do 31 stycznia 1909 roku, kiedy to na polecenie nowego arcybiskupa mohylewskiego, A. Wnukowskiego została mu powierzona samodzielna placówka duszpasterska w Tiumeni, w głębi Syberii.
Ponadto 27 lutego 1908 roku, z nominacji abpa Wnukowskiego, został katechetą w aleksandrowskiej szkole realnej w Tiumeni. Do szkoły tej uczęszczały dzieci katolików i – za przyzwoleniem władzy państwowej – katoliccy duchowni mogli tam katechizować. Po dotarciu na miejsce ks. Budrys przystąpił niezwłocznie do inwentaryzacji mienia kościelnego. Po sporządzeniu spisu inwentarza, wysłał go 5 kwietnia do konsystorza. Parafianami ks. Budrysa byli głównie Polacy – zesłańcy (po powstaniu styczniowym) oraz ich potomkowie.
Żeby ks. Budrys mógł katechizować uczniów dodatkowo w innych szkołach państwowych, znowu zarządzający archidiecezją ks. S. Denisewicz musiał zdobyć zgodę władz. Udzielenie takiej zgody leżało w kompetencji kuratora Zachodniosyberyjskiego Wydziału Oświaty. Okazało się to sprawą niełatwą i długotrwałą. 10 lipca 1909 roku ks. S. Denisewicz zarządził, by F. Budrys uczył religii w szkole realnej, natomiast katechizacja w gimnazjum żeńskim i 4-klasowej szkole miejskiej musiała zostać jeszcze uzgodniona z władzami oświatowymi. O ostatecznej decyzji ks. Franciszka powiadomiono 5 grudnia 1909 roku. W szkole miejskiej katecheta nie otrzymywał wynagrodzenia.
Ks. Franciszek starał się skupić parafian w różnych pobożnych bractwach. 12 października 1909 roku zwrócił się do biskupa-sufragana z prośbą o zezwolenie przyjmowania członków do Bractwa Różańcowego i do Żywego Różańca. Nie ma żadnych pisemnych dokumentów dotyczących pozytywnego lub negatywnego rozpatrzenia tej prośby. Wiadomo jednak, że 2 października 1910 roku ks. Budrys ponowił ją, tym razem adresując swoje pismo do nowego metropolity W. Kluczyńskiego. Zapewne otrzymał zezwolenie, gdyż jest pisemna notatka: „Odpowiedź z dnia 10.10.1910r.”.
Po trzech latach posługi na Syberii, w roku 1910 ks. Franciszek poprosił o półtoramiesięczny urlop, aby pojechać w rodzinne strony i zobaczyć się ze staruszkiem-ojcem i innymi krewnymi. Metropolita Kluczyński wydał mu takie zezwolenie na okres od 11 lipca do 25 sierpnia. Jednak z jakichś ważnych powodów rodzinnych, 24 sierpnia ks. Franciszek telegrafował do swego zwierzchnika i prosił o przedłużenie urlopu o 10 dni.
Tiumeńska parafia była bardzo biedna, zbierane ofiary starczały ledwie na pokrycie wydatków związanych z utrzymaniem świątyni. Kapłanowi pozostawała na życie niewielka suma, gdyż parafianie nie składali stypendium mszalnego. Dlatego, 25 lutego 1911 roku, ks Franciszek poprosił o pomoc materialną Konsystorz Archidiecezji Mohylewskiej. Ten rozpatrywał to podanie przez 10 miesięcy i w końcu postanowił przyznać ks. Franciszkowi wsparcie w wysokości 25 rubli miesięcznie.
O następny urlop ks. Franciszek poprosił dopiero po czterech latach od powrotu z pierwszego. Widocznie brak pieniędzy i konieczność otrzymywania zezwoleń za pośrednictwem Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, przy dodatkowych trudnościach związanych ze znalezieniem innego kapłana na zastępstwo, nie sprzyjały częstszym podróżom w rodzinne strony. Ks. Budrys, prosząc o zgodę na urlop, obiecał metropolicie Kluczyńskiemu, że nie zostawi kościoła bez opieki, gdyż co niedzielę i na każde inne wezwanie będzie przyjeżdżał – z oddalonego o 300 km Jekaterynburga – tamtejszy proboszcz, ks. I. Wilkas. Uzyskawszy takie zapewnienie, abp Kluczewski wyraził zgodę na urlop ks. Budrysa w terminie od 15 lipca do 1 września.
Z lat I wojny światowej zachował się tylko jeden dokument traktujący o działalności ks. Budrysa. Jest to telegram wysłany w 1916 r. przez przedstawiciela Polskiego Centralnego Komitetu Obywatelskiego, Antonowicza do biskupa I. Cieplaka. Antonowicz skarżył się w nim na „niewłaściwy wpływ” ks. Budrysa na polskich uchodźców. W celu szczegółowych wyjaśnień dokument został skierowany do biskupa, upoważnionego przez tę organizację do jego rozpatrzenia. Komitet wnosił często takie lub podobne zażalenia na duchownych, którzy pragnęli zostać duszpasterzami wszystkich katolików bez względu na ich narodowość i nie chcieli podporządkować się wyłącznie założeniom wspomnianego Komitetu.
Na przełomie lat 1916/17 sytuacja ekonomiczno-polityczna na Uralu uległa zdecydowanemu pogorszeniu. Została naruszona łączność z centrum kraju, zaostrzył się problem żywnościowy. Po rewolucji 1917 roku, kiedy trwała jeszcze I wojna światowa, niektóre tereny państwa rosyjskiego znajdowały się pod okupacją obcych wojsk. Armia bolszewicka początkowo kontrolowała tylko część terytorium państwa rosyjskiego. Niektóre narody, uciskane w carskiej Rosji, przygotowywały się do walki o suwerenność (w tym również Baszkirzy, zamieszkujący Przedgórze Uralskie, gdzie pracował ks. Budrys).
Na Uralu, wcześniej niż w innych regionach kraju, bolszewicy zaczęli wprowadzać politykę komunizmu wojennego i państwowej dystrybucji żywności, w skutek czego wielu ludzi cierpiało głód. Duchowieństwo pozbawione zostało wszelkich praw. Bolszewicka polityka przyczyniała się do wybuchu lokalnych konfliktów o charakterze zbrojnym. Wojna domowa nie ominęła również Uralu, gdzie wkroczyły oddziały Białej Armii, wspierającej obalony przez bolszewików Rząd Tymczasowy i jego sojuszników. Oddziały te, pod dowództwem admirała A.W. Kołczaka toczyły zaciekłe walki z bolszewicką Armią Czerwoną.
Parafianami ks. Budrysa byli przeważnie mieszkający na Uralu Polacy, Niemcy, Litwini, jak również pracujący w tamtejszych przedsiębiorstwach zagraniczni specjaliści (inżynierowie, kadra kierownicza). Nie brakowało wśród nich Francuzów, Włochów i przedstawicieli innych nacji, które osiedliły się tam wraz z rodzinami. Po wybuchu I wojny światowej znalazły się na tych terenach również dziesiątki tysięcy wziętych do niewoli żołnierzy z armii austrowęgierskiej, przeważnie katolików, jak również uchodźcy z Polski, Ukrainy, Białorusi. Po rewolucji bolszewickiej i odzyskaniu przez Polskę niepodległości w roku 1918, nie tylko większość polskich uchodźców, ale i miejscowi Polacy, zwłaszcza ci z bogatszych środowisk i inteligencji, nie widzieli możliwości życia pod rządami nowej władzy. Po podpisaniu w roku 1921 w Rydze traktatu pokojowego, kończącego wojnę między Polską a bolszewicką Rosją i ustaleniu wschodniej granicy II Rzeczpospolitej, Polacy zaczęli powracać do ojczyzny. Natomiast polscy, czescy i słowaccy jeńcy wojenni organizowali na Uralu i Syberii formacje wojskowe i nadal walczyli z bolszewikami. Wielu z nich zginęło, a inni dostali się do niewoli.
Garstka katolickich duchownych, którzy pozostali na Syberii, nie orientowała się,gdzie mieści się właściwy ośrodek lokalnej władzy kościelnej, w roku 1921 powstał wprawdzie Wikariat Apostolski Syberii, ale praktycznie przestał działać. Sytuacja w Piotrogrodzie była także niepewna, odkąd w 1919 roku aresztowano tam arcybiskupa mohylewskiego, Edwarda Roppa.
Ks. Budrys wskutek działań rewolucyjnych został zmuszony do opuszczenia Tiumeni. Irkucki dziekan, J. Groński, poradził mu, by udał się do Permu, zajętego przez wojska białych. Tam, 22 lutego, ks. Franciszek został proboszczem i dziekanem, mając nominację wydaną jedynie przez omskiego dziekana, ks. Chryzogona Przemockiego. Ks. Budrys nie orientował się nawet, jakie parafie należą do permskiego dziekanatu. Trudna sytuacja uniemożliwiała zakup wina mszalnego, literatury katolickiej czy nowego kalendarza liturgicznego.
Przyjechawszy do Permu, ks. Franciszek zastał w mieście ponad tysiąc parafian, którzy byli w stanie ze swoich ofiar utrzymać księdza i dbać o świątynię. Kiedy 1 lipca 1919 roku władzę w Permie przejęli bolszewicy, znacjonalizowali wszystkie obiekty kościelne i zażądali od proboszcza czynszu za mieszkanie. Zamożniejsi parafianie wyjechali za granicę. Pozostali tylko biedacy, którzy nie byli już w stanie łożyć na utrzymanie duchownego. Na dodatek wszystko podrożało, zapanował głód. Mimo tych trudności ks. Franciszek starał się dodatkowo służyć katolikom w Wiatce (426 km od Permu), w Jekaterynburgu (312 km od Permu), Tiumeniu (300 km od Jekarynburga), Tagile (132 km od Jekaterynburga). Poza tym posługę duszpasterską sprawował również w innych okolicznych wsiach i osadach. Wysokie ceny biletów utrudniały mu podróżowanie, drogi były kiepskie, a co najgorsze, wyjazdy wymagały posiadania odpowiedniej przepustki.
Ks. Budrys nie orientował się nawet, kto zarządza diecezją mohylewską po deportacji metropolity E. Roppa. Nic mu nie było wiadomo o losach biskupa Cieplaka i innych piotrogrodzkich duchownych. W tej sprawie zwrócił się do znajomego księdza w Piotrogrodzie, któremu przedstawił swoją sytuację w nadziei, że otrzyma jakąś pomoc i wyjaśnienia. 13 lutego 1920 roku nadeszła odpowiedź od bp Cieplaka.
KS. Budrys nawet w czasie rewolucji i wojennej zawieruchy, w latach chaosu i głodu pełnił sumiennie swoje obowiązki. Poprosił o zezwolenie na odprawianie uroczystych nabożeństw z wystawieniem Najświętszego Sakramentu na przebłaganie Boga za obrażanie Jego Najświętszego Imienia. Mocno trapiła go niemożliwość zdobycia wina mszalnego, nie było nawet z czego go przyrządzić. Chociaż na wszystko brakowało pieniędzy, ks. Budrys postarał się o organistę, żeby nabożeństwa stały się bardziej uroczyste, zwłaszcza w dni świąteczne.
Dokoła panowały nędza i bałagan, ale ks. Budrys starał się skrupulatnie, z własnych funduszy, pokrywać swoje wydatki na książki i obrazki, które zamawiał. Zrzekł się wynagrodzenia za kolportaż po dziekanacie materiałów nadsyłanych z kurii. Jako że w Piotrogrodzie było jeszcze trudniej, z polecenia władz kościelnych ks. Budrys na terenie swego dekanatu organizował zbiórki sucharów dla ubogich i pieniędzy na potrzeby związane z prowadzeniem archidiecezji.
8 czerwca 1920 roku biskup Cieplak mianował oficjalnie ks. Budrysa dziekanem w Permie. Ponadto zlecił mu posługę duszpasterską wśród wszystkich katolików guberni jekaterynburskiej. Od tego momentu ks. Budrys miał dbać, by księża dekanatu prowadzili duszpasterstwo we wszystkich powierzonych sobie placówkach. Zaznaczyć jednak trzeba, że na tak rozległym obszarze po obu stronach Uralu po rewolucji pozostało niewielu duchownych. Ks. Franciszek stale zastanawiał się, jak zorganizować posługę duszpasterską w rzadkiej sieci parafialnej na ogromnym terytorium. Swoimi przemyśleniami dzielił się z arcybiskupem Cieplakiem, proponował najlepsze, z jego punktu widzenia, sposoby rozwiązywania istniejących problemów. Co miesiąc organizował kwestę na rzecz kurii. Troszczył się także o litewskich księży, którzy, po aresztowaniu przez bolszewików, byli więzieni w Tagile. Zamierzano ich wykorzystać jako zakładników w rokowaniach z litewskim rządem.
Ks. Budrys starał się, by jego parafianie nie żyli w grzechu, bez ślubu. W warunkach, jakie panowały w czasie rewolucji, wojny domowej i bolszewickiej agitacji, moralność narażona była na liczne pokusy. Zwiększyła się ilość małżeństw mieszanych i cywilnych. Wielu katolików nie mogło zawrzeć małżeństwa sakramentalnego z powodu braku kapłana, ateistycznej propagandy, a także takich przeszkód kanonicznych, jak różnica wyznania czy ateizm jednej ze stron.
Z pewnością dotarła do ks. Budrysa informacja o ogłoszeniu przez Kościół katolicki nowego Kodeksu prawa kanonicznego, lecz on go nie posiadał i nie wiedział, jak postępować w sytuacjach, kiedy w normalnych warunkach kapłan nie ma prawa udzielić ślubu sakramentalnego. Z takimi wątpliwościami zwracał się często do arcybiskupa Cieplaka. W związku ze wzrostem liczby małżeństw mieszanych i konwersji na katolicyzm, prosił hierarchę o przysłanie mu katechizmów i książek religijnych w języku rosyjskim. Dawniej takiej konieczności nie było, bo katolicy posługiwali się książeczkami do nabożeństwa w językach ojczystych, a obecnie te języki stały się już niezrozumiałe i należało przygotowywać się do sakramentów po rosyjsku. Ks. Budrys nie troszczył się jedynie o tradycyjnie wyznających w Rosji wiarę katolicką Polaków, Litwinów czy Niemców, ale też o Rosjan, którzy zapragnęli stać się członkami Kościoła katolickiego.
Po roku 1921 parafie katolickie Uralu stopniowo się wyludniały. W każdej z nich pozostało nie więcej niż kilkudziesięciu wiernych, którzy nie potrafili już utrzymać swojego proboszcza. W ogóle brakowało duchownych, ponieważ niektórzy kapłani wyjechali w obawie przed prześladowaniami, inni zostali aresztowani, albo nie widzieli sensu dalszej pracy w Rosji i wyjechali razem ze swymi repatriowanymi parafianami. Ks. Budrys postanowił w takiej sytuacji otoczyć opieką tych nielicznych, którzy pozostali.
Wcześniej jednak postanowił poprosić biskupa o możliwość wyjazdu na urlop, jako że od roku 1913 nie był w ojczyźnie. Potrzebował również podreperować swoje zdrowie, nadwyrężone niedożywieniem i brakiem odpowiedniej odzieży – na skutek częstych przeziębień w czasie wizytowania zimą swoich parafii cierpiał na silny reumatyzm. Duchowny musiał, podobnie jak wielu innych, ratować się od głodu, wymieniając odzież i obuwie na produkty żywnościowe.Nie posiadał nawet kożucha, by móc zimą, w czasie tęgich mrozów, odbywać wizyty duszpasterskie w innych miastach.
14 lipca 1921 roku arcybiskup Cieplak powierzył ks. Budrysowi zarządzanie (oprócz Permu) dodatkowo jeszcze parafią w Wiatce, co wiązało się z wyjazdami tam co jakiś czas. Jednak ks. Franciszek nie miał pieniędzy na tak dalekie podróże (432 km), ani zimowej odzieży, dlatego po raz kolejny prosił o pozwolenie wyjazdu do swej ojczyzny, żeby zaopatrzyć się w odpowiednie ubranie.
W tym czasie ks. Budrys dowiadywał się też w kurii, czy traktat pokojowy podpisany w marcu 1921 r. między sowiecką Rosją, Ukrainą i Polską nie zawiera jakichś punktów, odnoszących się do Kościoła i mienia kościelnego. Arcybiskup Cieplak, pomimo usilnych próśb kapłana, nie zezwolił ks. Franciszkowi wyjechać na urlop, gdyż w archidiecezji dotkliwie odczuwano niedostatek kapłanów, a poza tym było prawdopodobne, że jeśli ks. Budrys wyjechałby za granicę, z pewnością do Związku Radzieckiego nie mógłby już powrócić.
Ks. Franciszek pogodził się odmową biskupa. Przesunął urlop „na lepsze czasy”, znalazł możliwość, by jakoś dojeżdżać do Wiatki, a oprócz tego zaproponował arcybiskupowi Cieplakowi, by powierzył mu dodatkowo zarządzanie parafią jekaterynburską. Prosił tylko, by ten pomógł mu znaleźć jakiś sposób pokrycia kosztów przejazdu, gdyż nieliczni już parafianie nie byli w stanie zebrać odpowiedniej kwoty na bilet. Pisemna notatka świadczy o tym, że arcybiskup postarał się zadośćuczynić tym prośbom, lecz do ks. Budrysa żadna odpowiedź ani pieniądze nie dotarły, więc po jakimś czasie znów zwrócił się on do kurii z prośbą o pomoc materialną na pokrycie kosztów podróży i o przysłanie ofiar na Msze św. Prosił też, by przysłać mu chociaż jedną butelkę wina, którego nadal nie można było nigdzie dostać, a także jakieś czasopismo religijne, gdyż zupełnie nie orientował się w sytuacji na świecie.
18 października 1921 roku, na wiosek samego ks. Franciszka, arcybiskup Cieplak powierzył mu kierowanie jekaterynburską parafią, prócz tych w Permie i Wiatce. Od tej chwili ks. Franciszek był nieustannie w drodze pomiędzy parafiami, zatrzymując się w każdej z nich tydzień lub dwa, a przy okazji większych świąt starał się zdążyć z wizytą we wszystkich podległych mu placówkach, aby nie obrazić parafian żadnej z nich. Nie miał jednak nigdzie stałego mieszkania, nocował w pomieszczeniach znajdujących się w budynkach kościelnych, na posiłki chodził do parafian. Sam też musiał sprzątać w świątyniach, a nawet dzwonić na Msze św., gdyż nie miał żadnych pomocników – kościelnego czy organisty.
Na początku grudnia 1921 roku ks. Budrys otrzymał wiadomość o wyjeździe do kraju księdza Paszkiewicza, proboszcza z Czelabińska. W tym mieście pozostało dość dużo parafian, więc byli oni w stanie utrzymać swojego kapłana. Dlatego też już 13 grudnia ks. Franciszek poprosił arcybiskupa Cieplaka, by skierował go do Czelabińska i Jekaterynburga (odległość między nimi wynosiła 212 km), a do Permu i Wiatki, położonych znacznie bliżej od siebie, ale daleko od Jekaterynburga, wyznaczyć innego duchownego. Zarządzanie trzema parafiami, było dla niego – jak się sam wyrażał – „troszkę trudne”.Jeżeli chodzi o liczbę wiernych, parafia w Czelabińsku należała w tym czasie do największych na Uralu. Żyli tam nie tylko Polacy i Litwini, ale i Niemcy wyznania katolickiego. Wielu katolików zamieszkiwało też Zachodnią Syberię, gdzie nie było żadnego kapłana.
Już w tydzień po wyjeździe ks. Paszkiewicza parafianie z Czelabińska zwrócili się do ks. Budrysa, by odprawił msze za ich zmarłych. 18 grudnia 1921 r. ks. Franciszek znów wysłał pismo do kurii, w którym prosił o skierowanie do Czelabińska nie jednego, a dwóch księży, z których jeden znałby niemiecki i mógłby prowadzić duszpasterstwo wśród Niemców.Rozumiał, ile sił kosztują kapłanów stałe wyjazdy, więc prosił, żeby jeden z nich mógł pozostawać w Czelabińsku, a drugi objeżdżał w tym czasie inne miejscowości, a potem następowałaby zmiana i w ten sposób każdy z nich miałby chwile wytchnienia. Rozumiejąc nadzieje katolików, nie czekając na odpowiedź, z własnej woli włączył Czelabińsk do grafiku swoich objazdów.
Z powodu wstrzymywania przesyłek pocztowych, podanie ks. Budrysa dotarło do kurii już po tym, kiedy abp Cieplak zadecydował inaczej: w grudniu 1921 r. zwolnił ks. Budrysa z kierowania parafią w Wiatce i mianował go administratorem parafii tiumeńskiej. Biskup nakazał, aby ks. Franciszek w każdej parafii zlecił wybór komitetu parafialnego, który by troszczył się o utrzymanie świątyni i stan mienia kościelnego. Być może, ks. Budrys nie otrzymał tych zarządzeń, gdyż 4 stycznia 1922 wysłał telegram z zapytaniem, kogo wysłano do Czelabińska. 18 stycznia wicekanclerz kurii, ks. D. Iwanow, poinformował ks. Franciszka, że został on mianowany proboszczem w Tiumeni, a w Czelabińsku i Wiatce mają pracować inni duchowni. 8 lutego abp Cieplak wydałks. Franciszkowi zaświadczenie, że jest dziekanem i proboszczem kościoła w Permie oraz administratorem kościołów w Jekaterynburgu i Tiumeni.
22 kwietnia 1922 roku bolszewicy przeprowadzili w Jekaterynburgu akcję zagarnięcia kosztowności kościoła katolickiego pod pretekstem zbierania w całym kraju środków na pomoc głodującym z Powołża. Ks. Budrysowi udało się uratować jedynie srebrny krzyż (złotych przedmiotów w świątyni nie było), a wszystkie sprzęty kościelne zajęli bolszewicy.
Jako że mianowany niedawno czelabiński proboszcz, ks. L. Tuczko, zachorował, ks. Budrys znów „tymczasowo” musiał posługiwać również w tej parafii, włączając w nią jeszcze niemieckie kolonie, w których nadal nie było księdza ze znajomością języka niemieckiego. Z czasem ks. Budrysowi przypadło dodatkowo administrowanie parafią w Tobolsku.
Ks. Franciszek nadal tworzył w podległych mu parafiach różne grupy modlitewne. Świadczy o tym prośba z roku 1922 o przysłanie mu nie tylko różańców, ale i szkaplerzy.
Ks. Budrys, zmęczony nieustanną wyczerpującą pracą, jeszcze raz spróbował starać się o urlop, chociażby dopiero latem 1923 roku. Abp Cieplak zgodził się na wyjazd ks. Franciszka, ale tylko wtedy, kiedy powrócą księża do pozostałych parafii. Jednak żaden nie wrócił, a inni przebywali ciągle w więzieniach lub zostali zmuszeni do opuszczenia Sowieckiej Rosji.
W czasie głodu w Jekaterynburgu otwarto oddział Francuskiego Czerwonego Krzyża, którego przedstawiciele pomagali również miejscowym katolikom. Dlatego też ks. Budrys prosił, by arcybiskup wyraził na piśmie wdzięczność Francuzom.
Wiosną 1923 roku ks. Budrys kolejny raz poprosił o zgodę na urlop w kraju, żeby odwiedzić swojego starego i wówczas już bardzo chorego ojca – tym razem zwrócił się jednak nie do arcybiskupa, który już wtedy był więziony, ale do administratora archidiecezji, ks. Przyrembela. Jego pismo nadeszło do kurii dopiero w marcu 1924 roku, a jeszcze w czerwcu 1923 roku ks. Franciszek otrzymał polecenie, by oprócz dotychczasowych obowiązków, kierować sprawami kościoła w Wiatce. W ostatnim zachowanym liście z 6 czerwca 1924 roku ks. Budrys zrezygnował z wyjazdu na wypoczynek do kraju, obawiając się zakazu powrotu do ZSRR. Zdecydował się pozostać z tymi, dla których pracował i wśród których pełnił obowiązki proboszcza i dziekana.
Po zniszczeniu struktur Kościoła katolickiego w sowieckiej Rosji, władze bolszewickie przejęły archiwum kurii archidiecezji mohylewskiej, dlatego też jego pozostałości znajdują się do dziś w archiwach państwowych.
W kwietniu 1925 roku w Jekaterynburgu ks. Franciszek został aresztowany. Władze zamierzały użyć go jako zakładnika w sprawie zabójstwa agentów GPU (Państwowy Zarząd Polityczny), którzy wyjeżdżali na wymianę do ZSRR przez polskich żandarmów: A. Wieczorkiewicza i W. Bagińskiego. Ks. Budrys został po miesiącu zwolniony.
Męczeństwo
Zachowało się niewiele świadectw o ostatnich trzynastu latach życia ks. Budrysa. Zdecydował się on pozostać w kraju, gdzie bolszewicy prześladowali wierzących każdego wyznania. Tych, którzy uczęszczali do katolickich kościołów, inwigilowano, duchownych i praktykujących parafian aresztowano pod jakimkolwiek pretekstem, skazywano, zamykano w więzieniach i zsyłano w najodleglejsze rejony kraju. Z obawy przed represjami parafianie stopniowo przestawali chodzić do kościoła. Prowadzono zmasowaną propagandę antyreligijną, kładącą przede wszystkim nacisk na wychowanie dzieci w duchu ateistycznym, na rozbicie instytucji małżeństwa i rodziny.
Kiedy ks. Franciszek był młodym kapłanem, trudno mu było żyć tak daleko od swych rodzinnych stron. Chciał odwiedzać krewnych, otrzymywać pomoc i wsparcie ze strony najbliższych.Nie było mu to jednak dane ze względu na wojnę, rewolucję i powstanie granicy między ZSRR a Litwą. Decyzja o pozostaniu w ZSRR, kiedy tam już prawie nie było katolickich księży, była równoznaczna z gotowością przyjęcia męczeńskiej śmierci. Listy Sługi Bożego z lat 1920-24 pozwalają przekonać się, jak mu wtedy było ciężko. Jednak nie zrezygnował z posługi, nie próbował za wszelką cenę wyjechać do swej ojczyzny, nie poszedł na współpracę z ateistyczną władzą. Jego męczeństwo w roku 1937 było naturalną konsekwencją powziętej decyzji.
Ks. Franciszek nadal objeżdżał swoje parafie, starając się otaczać wiernych swoją duszpasterską opieką – chrzcić, udzielać ślubów, spowiadać, katechizować dzieci. Ale, rozumiejąc panującą sytuację, nie chciał narażać swoich parafian na zbytnie ryzyko. Z tego powodu niektóre nabożeństwa odprawiał w mieszkaniach prywatnych, a nie w kościele. W Jekaterynburgu do 1924 roku było to mieszkanie proboszcza z domową kaplicą przy ul. Gogola 9, gdzie odbywały się chrzty i śluby.
Po roku 1924 ks. Franciszek posługiwał społecznościom katolickim Tobolska, Tiumeni, Permu, Jekaterynburga, Czelabińska, Złotoustu, Kurhanu, Ufy, Samary, Kazania i Wiatki. Chociaż bolszewicy do 1930 roku już pozamykali kościoły w Tobolsku, Tiumeni, Kurhanie i Iszymiu, ks. Budrys nie przestał przyjeżdżać do mieszkających tam katolików, by sprawować Mszę św. w prywatnych domach. W latach 1934-37 był praktycznie jedynym kapłanem posługującym katolikom na olbrzymim obszarze między Wołgą a Obem.
Ksiądz Budrys nie był w stanie sam jeden przygotować wiernych do sakramentów w tak wielu miastach, dlatego starał się – z pomocą najbardziej zaufanych parafian – organizować katechizację pod pozorem spotkań towarzyskich w mieszkaniach czy też „pikników” za miastem, dokąd wyjeżdżali dorośli i dzieci.
Kapłan ten starał się tez w obliczu trudnej sytuacji nieprzerwanie podtrzymywać wiarę w duszach swoich wiernych. Z powagą odnosił się on do problemu moralności, o czym często mówił w swoich kazaniach. Nie bał się apelować do rodziców, by strzegli swych dzieci przed wstępowaniem do organizacji komunistycznych (komsomołu, pionierów). W rozmowach prywatnych z parafianami wyrażał pogląd, że władza sowiecka nie może długo istnieć, bo na jej czele stoją prawie sami analfabeci.
W latach 1937-38 aparat stalinowski opracował system spraw „narodowych”. Były to okrutne represje, które dotknęły przedstawicieli mniejszości narodowych: Polaków, Niemców, Estończyków, Litwinów. Oskarżano ich o zakładanie tajnych organizacji, szpiegostwo na rzecz obcych państw, organizowanie sabotażu i dywersji, zdradę ojczyzny, itp. Na samym początku zabrano się za „polską” sprawę, jako że Polskę uznawano za głównego wroga Rosji na Zachodzie. Ks. Budrys został aresztowany w związku z tą właśnie akcją.
Zgodnie z powziętym planem, uznano ks. Budrysa za „rezydenta” siatki szpiegowskiej Polskiej Organizacji Wojskowej (POW) na Przeduralu i aresztowano 17 czerwca 1937 roku w Ufie, razem z członkami rady parafialnej. On sam wziął na siebie absurdalny zarzut, że „na zlecenie francuskiego agenta, biskupa Neve, zajmował się szpiegostwem na rzecz francuskiego wywiadu i Watykanu oraz organizował działalność powstańczą przeciwko władzy radzieckiej pod pozorem pracy duszpasterskiej, wykorzystując fanatyzm religijny parafian”. Nabożeństwa zostały nazwane spotkaniami grupy powstańczej. Przywódcą wymyślonego przez czekistów oddziału POW w Ufie miał rzekomo być ksiądz katolicki, M. Jodokas, a po jego wyjeździe organizacją miał kierować ks. Budrys. Aby pokazać szeroki zakres działania „organizacji szpiegowskiej”, której jakoby przewodził ks. Franciszek, czekiści aresztowali parafian, w pierwszym rzędzie członków komitetów parafialnych Tobolska, Tiumeni, Iszmu, Omska, Świerdłowska (wcześniej Jekaterynburga), Permu, Kirowa (dawnej Wiatki), Czelabińska, Ufy i innych miast.
Ze wspomnień A. J. Jansona, parafianina z Ufy, aresztowanego rok wcześniej i przebywającego w jednej celi z ks. Budrysem, dowiadujemy się, że kapłan ten w czasie przesłuchań był okrutnie bity. Żądano od niego, by się przyznał, że jest szpiegiem i w tym celu również trzymano go boso na śniegu, wskutek czego odmroził sobie nogi i dostał zapalenia płuc. Jednak zawsze, wracając do celi, modlił się i stale podtrzymywał na duchu swoich współwięźniów, powtarzając: „Bóg nas nie opuści…”.
W tamtych czasach nie sądy wydawały wyroki, a specjalne „trójki”, to znaczy grupy złożone z trzech czekistów, które miały za zadanie ogłaszanie, zgodnie z przepisami, wyroków śmierci. Na mocy decyzji takiej właśnie trójki, 11 listopada 1937 roku, ks. Budrys został skazany na rozstrzelanie. Wyrok wykonano 16 grudnia w więzieniu w Ufie. Razem z ks. Franciszkiem zostało zamordowanych 189 jego parafian z różnych miast. Rozstrzelanych pogrzebano na Cmentarzu Siergiejewskim w Ufie, ale ich mogił nie oznaczono.
Po śmierci Stalina w roku 1953 roku, sprawy skazanych w epoce stalinizmu zaczęto stopniowo rozpatrywać na nowo. Niesprawiedliwe wyroki unieważniono. Na mocy orzeczenia Trybunału Wojskowego Południowo-Uralskiego Okręgu Wojskowego z dnia 14 stycznia 1958 roku decyzja trójki NKWD BASRR z dnia 11 grudnia 1937 roku, wydana w sprawie ks. F. Budrysa, została umorzona z powodu braku w postępowaniu kapłana jakichkolwiek znamion przestępstwa, to znaczy, że został uznany za niewinnego zarzucanych mu wcześniej czynów.
Chwała męczeństwa
Do chwili śmierci ks. Budrysa wielu katolików wyjechało z Rosji z powodu represji lub też odeszło od aktywnego życia religijnego na skutek zamknięcia kościołów, a ci, którzy byli gotowi cierpieć, zostali rozstrzelani. Zwraca uwagę fakt, że chociaż w miejscach posługi duszpasterskiej ks. Budrysa świątynie katolickie reaktywowano dopiero po pieriestrojce, to sylwetka kapłana nigdy nie została tam zapomniana.Pamięć o nim przetrwała wśród nielicznych katolików, jego podopiecznych, którzy dożyli naszych czasów.
Kiedy Kościół katolicki w Rosji zaczął się odradzać, reaktywowano parafie również w miejscach posługi ks. Budrysa. W artykułach poświęconych wznawianiu organizacji kościelnej i historii parafii katolickich w Jekaterynburgu, Permie czy Wiatce, opublikowanych w prasie katolickiej lub na stronach internetowych, zawsze wspomina się postać księdza Budrysa.Jego krótkie biografie można spotkać w takich publikacjach jak „Księga pamięci” i „Losy duchowieństwa katolickiego w ZSRR 1917-39: Martyrologium” ks. R. Dzwonkowskiego. Katolicy z Ufy widzą w ks. F. Budrysie kandydata na ołtarze.
Kiedy 9 sierpnia 1998 roku, po zwróceniu katolikom parafii w Permie, na nowo przywrócono dla kultu kościół Niepokalanego Poczęcia NMP, abp Tadeusz Kondrusiewicz, ówczesny administrator dla katolików europejskiej części Rosji, który przewodniczył liturgii Mszy św., odprawiał ją w ornacie, który, jako dobro kościelne, został skonfiskowany i umieszczony w muzeum narodowym, jednak przed samą uroczystością zwrócono go parafii. Dla wierzących był to symbol ciągłości dziejów i pamięci o ostatnim proboszczu.
Po rozpoczęciu przygotowań do procesu beatyfikacyjnego nowych katolickich męczenników w Rosji, biografia ks. Budrysa znalazła się na kartach książki „Ziarno z tej ziemi”, poświęconej kandydatom na ołtarze.
Przez postulatora tego procesu został wydany folder ze zdjęciami i modlitwą. Do postulatury nadeszła również informacja o działaniu łaski: w czasie odmawiania modlitwy o beatyfikację tego Sługi Bożego pewien mężczyzna został uleczony z nałogu palenia, a starszej kobiecie ustąpił ból kolan. Wierni odmawiają modlitwę o beatyfikację Sługi Bożego znajdującą się na obrazku z jego podobizną.
